但学校拿走了一半工资作为回扣，这合法吗？

学校拿走实习生工资作为回扣不合法。依据《劳动法》，工资应足额支付给劳动者，扣发需有合法依据。否则，可能面临劳动仲裁和补发工资的要求，损害学校声誉。
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处理此问题，常见方式有协商和仲裁。应先尝试与学校协商，说明法律规定，要求返还工资。协商无果时，向劳动仲裁院申请仲裁，通过法律途径维护权益。
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学校扣工资不合法。处理方式：1.与学校协商，明确表达不满，要求返还工资；2.若协商不成，收集证据，如工资条、实习合同等；3.向劳动仲裁院提交仲裁申请，附上证据材料；4.等待仲裁结果，必要时可寻求法律援助。